新医改方案的配套实施、基本药物目录内产品的零差率销售、国家对社区第四终端医疗单位的扶持、药价的严格管控、医药分开的遥遥无期、经济危机的蔓延、药店倒闭和并购及裁员潮流，都将使药店面临更加激烈的生存压力，在新的政策环境下，药店将面临以下难题：
一、连锁药店面临的三大难题
１、 高毛利将逐步趋于理性和消失
首先这是由于国家对药品的价格管控政策决定的，基本药物的限价、价格在外包装盒上的公开标示、品牌药的价格透明、普药同质化和价格一路趋低，使得高毛利难以为继。同时由于很多药店都过度强行推进高毛利主推销售政策，透支了药店信誉和消费者的忠诚度美誉度，高毛利主推慢慢较难开展或者显示出其副作用。因此回归理性将是必然。
２、 医保目录或者基本药物名录里面的产品在药店的销售将逐渐东风不再。
可以肯定的说，只要医改方案强力推行、基本药物制度实施，药店中销售的产品将无法和社区第四终端医疗单位和新农合免费用药等政策抗衡，加上药品价格的严控，连锁药店销售基本药物目录里面的药品将逐步成为鸡肋，食之无味弃之可惜，但最终还得抛弃。
３、 药品品类在药店中份额必将减少
今后的连锁药店，不管你愿意不愿意，必须适应的一个趋势就是，卖药将逐步不在成为主流、药品品类在药店中的销售占比必将逐步降低，非药品品类上升成为必然趋势，换句话说，多元化在药店成为必由之路，成为药店发展的不二法门。
二、连锁药店赢利模式转型
面对这些问题，药店盈利模式到底如何转型？２００９年，笔者给出以下转型方向。
１、 向药妆要利润
药妆作为药店新品类，目前已经渐成气候，但还是有不少药店不敢尝试、不愿尝试。可以说这是观念落后的表现，药妆的兴起是一个城市时尚、活力、购买力上升的表现。其实很多中小城市都在开始开设药妆店，当然培养药妆要解决三大难题：药店差异化药妆品类的采购与供应、药妆专业销售的药店培养、消费者的教育引导。解决了这三大难题，就可以解决药妆在药店中的销售难题了。先人一步引入药妆，长期开展促销和消费教育，将来必有斩获。作为引领行业的联盟，PTO在致力于药妆的引进和普及。
２、 向多元化要销售额
药品品类在药店份额下降，药店要想提高营业额、提高坪效、提高客单价和集客能力，就必须不失时机的引进其他品类，开展多元化经营，总之，应该把药店看成是零售业态，适合零售的健康、美丽、时尚、美容、健身、食疗、器械、便利、休闲等类型的产品都可以在药店销售，这样的品类引入后，你的药店在药品份额下降后，营业额才不至于下降。当然多元化要做得好，先要消费者调研做得好，引进的产品和服务才能适销对路，快速形成销售。同时引进新品类要广范传播和持续大力促销，以培养消费者的习惯性购买或者改变消费者原来的购物场所与习惯。
３、 向大健康管理要人气和忠诚客源
面积大的药店，都要根据自己的特色，在治未病、大健康调理、疾病诊断、疾病预防、疾病科学联合用药、康复养护、中医针灸按摩、食疗、锻炼康复等方面介入大健康型药店赢利模式。笔者主张就一种或者数种疾病，进行系统的大健康管理式赢利模式探索，我们主张针对某种疾病，与医院差异化，进行这类疾病用药的：“品类管理＋客类管理＋大健康俱乐部”盈利模式塑造，今年PTO将全力打造这一赢利模式。
４、 向新特药要利润
由于医保目录或者基本药物目录内的品种不是很多，而市场上销售的新特药较多，因此在差异化的选择中，药店也可以采取差异化定位，销售高档的新特药，通过新特药的销售，获取利润。方法有：抢夺医院临床一线用药消费者、自设门诊、托管社区卫生站药房等。
５、 向精细化管理要效益
２００９年，由于经济危机的加剧，药店经营的难度增加，药店精细化管理在药店营运中的作用必将突显。因为零售无大事。同样零售更无小事，零售效率的提升来自于门店每天持续不断改进和提高，来自于把每个细节都做到位。具体来说就是采购的精细化管理、门店经营面积的精细化、非药品销售的精细化、门店绩效考核的精细化管理、品类管理以自我为中心的精细化管理、信息系统的精细化管理、门店有效库存的精细化管理、药店产品知识和培训的精细化管理、药店促销活动的精细化管理、会员俱乐部的精细化管理等。精细化管理意味着企业文化的养成熏陶和一线人员执行力的逐步提升。没有强有力的执行力，一切精细化管理都无从谈起。