眼睛疾病的严重程度与镜片的清洁程度有关。清洁保养没做好，污垢堆积在镜片上，不仅减低镜片使用寿命，也会造成难以回复的眼睛伤害。
清洁做得好，眼睛问题少
1.一定要用手搓洗镜片
如同一般脏衣服若没有经过先搓洗，直接丢入洗衣机，是无法去除顽垢的道理一样，隐形眼镜一定要经手搓洗30秒以上，才可达到清洁效果。研究报告指出，由手搓洗镜片，比任何机器更能有效去除镜片上的杂质及沉淀物。另外，自来水或开水没有清洁消毒作用，不可用来清洗隐形眼镜。
2.每1～2年更换新的隐形眼镜
再完美的清洁保养方式，仍然会有少许微生物残留在镜片上。即使不常使用，镜片材质经过1～2年后，自然变得老旧，此时应丢弃换新，以免伤害眼睛。
3.镜片不可放在生理食盐水中保存
生理食盐水没有杀菌作用，用来保存镜片，容易滋生细菌，造成眼睛的感染。
4.不同厂牌的隐形眼镜， 不可交互使用
因为各厂牌药水种类成分不同，不可混合使用或随意更换，以免起化学作用，伤害镜片。其实，目前为止，眼科医师均认为，并没有任何一种隐形眼镜药水是完全没有副作用的。
加热消毒法不会造成化学药剂残留的副作用，但加热方式易减少镜片寿命；多功能药水简单方便，双氧系统的杀菌力最强，但是两者的清洁功能较差。
传统式清洁、冲洗、浸泡分开使用药水的方法虽然麻烦，却是目前医师认为较安全的清洁保养程序。
5.每周固定去蛋白
蛋白质吸附在镜片上，日久会形成一片厚墙般，易刮伤眼角膜。酵素片的去蛋白作用，可以分解蛋白质结构，维持镜片表面的清洁。
成分中含有酵素（enzyme），才具有去蛋白的效果。他认为到目前为止，市面上仍然没有任何一种消毒药水，可以完全取代每周的去蛋白工作。
此外，去蛋白酵素片并非浸泡愈久效果愈好。最好不要浸泡超过12小时，林思源医师解释，因为经分解后的蛋白质重新渗入镜片，牢牢吸附，届时更难清洗。
6.药水也有使用期限
药水拆封后，最好在4个月内用完或丢弃换新，以免药水变质。生理食盐水拆封后，因不含防腐剂，使用期限最好不要超过1个月。
7.隐形眼镜配戴前，先冲生理食盐水
因为隐形药水多为化学制剂，直接戴在眼睛上容易造成刺激，最好先用生理食盐水冲干净再戴。
8.隐形眼镜不可以长期浸 泡在药水中
长时间的浸泡，药水失去消毒能力，还原成为普通水，反而变成滋生细菌的温床。通常2天要更换一次新的浸泡液，但有些药水可以密闭保存一星期，需视药水本身的成份而定。配戴前一定要重新消毒清洗一遍。
9.半年一次送原厂保养
通常眼镜行是将所有的眼镜放在一起清洗，易有感染之虞。只要个人将日常清洁保养工作做好，每周固定去蛋白，仅需半年送回隐形眼镜公司原厂做保养一次即可。
10.双氧消毒系统，一定要中和后才可使用
双氧消毒系统因使用3％的过氧化氢（跟一般外伤用的双氧水一样），一定要用白金环或中和片后才不会造成眼睛灼伤。像是白金环的中和效果会随使用次数递减，建议每次换新药水时，同时更换白金环。另外，高含水量的拋弃式隐形眼镜，不宜用双氧消毒系统，镜片会变形。
11.眼睛红，最好先取下 隐形眼镜
只要眼睛有发红、畏光、流泪等不适情形，最好立即取下隐形眼镜，并且带着隐形眼镜一起去给医师检查，看看是哪里出了问题。隐形眼镜族的眼角膜通常比较脆弱，大部份的人都是拖到视力模糊时才来就诊，这时视力已经受到相当损伤。
12.定期更换隐形眼镜的保存盒
美国梅友诊所建议，每天都应该冲洗清洁保存盒及放置镜片的篮子。此外，董晓青建议，每周用热水烫过、中性洗剂清洁、晾干；半年左右换一次保存盒和镜片篮。最好不要放浴室，因为潮湿容易发霉。